1、行为人构成变造金融机构批准文件罪，会判处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
2、单位犯此罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照上述规定处罚。
3、法律依据：《刑法》
第一百七十四条未经中国人民银行批准，擅自设立商业银行或者其他金融机构的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。
伪造、变造、转让商业银行或者其他金融机构经营许可证的，依照前款的规定处罚。单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照第一款的规定处罚。
一、伪造变造转让金融机构经营许可证批准文件罪情节严重的认定标准是什么
1、多次伪造、变造、转让经营许可证或者批准文件的。
2、伪造、变造经营许可证或者批准文件数量较大的。
3、伪造、变造经营许可证或者批准文件又出售、出租的。
4、利用伪造、变造、转让的经营许可证或者批准文件进行经营，严重干扰国家金融秩序的。
5、利用伪造、变造、转让的经营许可证或者批准文件，进行诈骗的。
6、利用伪造、变造、转让的经营许可证或者批准文件进行营业，给客户、经营单位造成重大经济损失的或者造成其他严重后果的。
